Es el órgano encargado de la atención médica integral y especializada a los pacientes, según el nivel de complejidad del Hospital; depende de la Dirección General y tiene asignada las siguientes funciones generales:

1. Brindar atención médica integral y especializada a los pacientes por medios clínicos con la participación coordinada de los órganos competentes.
2. Organizar y coordinar los horarios de atención de pacientes mediante gestión de la programación, la disponibilidad de turnos y profesionales para consultorios externos y hospitalización.
3. Efectuar el seguimiento de la atención integral del paciente desde su ingreso a hospitalización hasta su recuperación, rehabilitación e incorporación a la comunidad.
4. Promover la salud, prevenir riesgos y daños, proteger y recuperar la salud y rehabilitar las capacidades de los pacientes, en la atención médica integral, según las normas y protocolos vigentes.
5. Proponer, ejecutar y evaluar las guías de prácticas clínicas y procedimientos en el campo de su competencia orientados a proporcionar un servicio eficiente y eficaz.
6. Estimular, orientar y monitorear la investigación, en el campo de su competencia, así como apoyar la docencia, en el marco de los convenios correspondientes.
7. Fomentar la capacitación del personal asignado en coordinación con la Oficina de Apoyo a la Docencia e Investigación.
8. Programar y evaluar la atención al paciente para el cumplimiento de los objetivos del Hospital.
9. Participar en las actividades intra y extramuros que propendan a la prevención, control y promoción de la calidad de vida del paciente.
10. Prescribir los medicamentos e insumos médicos conforme a las normas oficiales.
11. Efectuar los registros médicos y procedimientos de atención, brindados al paciente, en la historia clínica respectiva, conforme a las normas establecidas.
12. Asegurar el cumplimiento de las normas de bioseguridad.
13. Establecer en la unidad orgánica y en el ámbito de su competencia y objetivos funcionales el control interno previo, simultáneo y posterior.