Realiza las tareas de evaluación y control de las labores de la institución, disponiendo la ejecución de las acciones de control solicitadas por la Contraloría General, asimismo aprueba la conformación de comisiones de auditoría y de equipos funcionales de trabajo.
- Dirección General
- Dirección Adjunta
- Dirección Ejecutiva de Administración
- Asesoría de la Dirección General
- Oficina Ejecutiva de Planeamiento Estratégico
- Oficina de Asesoría Jurídica
- Oficina de Personal
- Oficina de Economía
- Oficina de Logística
- Oficina de Comunicaciones
- Oficina de Gestión de la Calidad
- Oficina de Epidemiologia y Salud Ambiental
- Oficina de Estadística e Informática
- Oficina de Seguros
- Oficina de Gestión Tecnológica
- Oficina de Apoyo a la Capacitación, Docencia e Investigación
- Órgano de Control Institucional
- Oficina de Servicios Generales

